Le CHU de Brest révolutionne le diagnostic des infections grâce à la métagénomique clinique
Le CHU de Brest marque une avancée majeure dans le domaine médical en intégrant la métagénomique clinique à ses outils diagnostiques. Cette nouvelle méthode de détection, encore rare en France, permet d’identifier les agents infectieux à partir d’une simple prise de sang, offrant ainsi une alternative plus rapide et précise aux méthodes classiques. Cette technique visionnaire n’est actuellement réalisée et labellisée que dans trois hôpitaux dans tout le pays.
Le CHU de Brest est le premier établissement en France à avoir reçu la certification de Noscendo, une start-up allemande spécialisée dans la métagénomique.
La métagénomique clinique constitue une rupture technologique dans le diagnostic des infections. Elle repose sur l’analyse du génome des agents pathogènes — qu’ils soient bactériens, viraux, fongiques ou parasitaires — directement à partir d’échantillons sanguins. Traditionnellement, la détection des infections nécessitait des prélèvements invasifs ou des analyses longues et complexes. Grâce à cette méthode, un simple prélèvement sanguin suffit désormais pour détecter de manière très précise l’agent infectieux responsable.
Le défi majeur de cette technologie réside dans la capacité à extraire les fragments d’ADN microbiens d’une masse d’ADN humain présente dans le sang. Le séquençage à haut débit, une innovation récemment adoptée en microbiologie clinique, permet désormais de surmonter ce verrou technologique en analysant une grande quantité de données génomiques en un temps réduit. « La métagénomique clinique représente une avancée sans précédent dans le diagnostic des infections profondes et difficiles à identifier par les techniques classiques », explique le Pr Geneviève Héry-Arnaud, Professeure des Universités-Praticien Hospitalier (PU-PH) en bactériologie au CHU de Brest.
Un partenariat international et une certification exclusive
Le CHU de Brest est le premier établissement en France à avoir reçu la certification de Noscendo, une start-up allemande spécialisée dans la métagénomique. Ce partenariat a permis de mettre en place un diagnostic innovant basé sur une simple prise de sang, une première mondiale dans la détection d’infections. Jusque-là, la technique nécessitait des prélèvements invasifs tels que des biopsies osseuses ou des valves cardiaques.
Cette collaboration avec Noscendo s’inscrit dans un cadre plus large de recherche clinique, où le CHU de Brest est pionnier. Le laboratoire de bactériologie du CHU a été labellisé par la Direction Générale de la Santé (DGS) en tant que laboratoire de biologie médicale de référence (LBMR) pour la métagénomique clinique, renforçant ainsi son rôle dans la médecine de précision et la recherche appliquée aux maladies infectieuses complexes.
Une expertise rare en France
L’introduction de la métagénomique clinique dans la pratique courante des laboratoires du CHU de Brest témoigne de l’engagement de l’établissement en faveur de la médecine de précision.
En étant parmi les premiers en France à proposer cette approche, le CHU de Brest confirme son rôle de leader dans l’innovation médicale.
Actuellement, seuls trois établissements en France, dont le CHU de Brest, sont reconnus experts par la DGS pour cette technique de diagnostic avancée. L’Hôpital Henri-Mondor et l’Hôpital Necker-Enfants Malades à Paris sont les deux autres centres accrédités, témoignant de la rareté et de la complexité de la mise en oeuvre de cette technologie.
« C’est un outil précieux pour les médecins infectiologues, notamment pour les patients souffrant d’infections profondes ou les patients immunodéprimés, pour lesquels les diagnostics traditionnels échouent souvent », ajoute le Pr Héry-Arnaud. Cette technique est particulièrement prometteuse dans des contextes cliniques tels que les sepsis, les endocardites, les infections ostéo-articulaires, pulmonaires, cérébrales ou abcès profonds, où l’accès direct à la zone infectée est compliqué voire impossible car trop invasif.
Colloque sur la métagénomique clinique
Dans la continuité de cette dynamique d’innovation, le CHU de Brest a accueilli le 25 septembre un colloque sur la métagénomique clinique, à l’Institut de Biologie et de Recherche en Santé de Brest (IBRBS). Ce colloque a réuni les spécialistes du domaine, avec pour objectif de partager l’expérience du CHU de Brest et de discuter des dernières avancées en matière de diagnostic infectieux
